2026 지방 저가주택 주택수 제외 총정리 — 광역시 아파트는 왜 안 될까

2026년 10월 14일 보완

광역시와 군의 구분, 세목별 주택 수 제외의 의미, 다른 비과세 특례 가능성을 보완했습니다. 기존 이미지는 본문의 세부 예외와 함께 읽으세요.

기준일자 : 2026년 8월 18일
세법·시행령은 수시로 개정됩니다. 실제 계약 전 반드시 최신 법령과 고시를 다시 확인하시기 바랍니다.

지방 아파트를 한 채 더 사도 주택 수에서 빼주는 제도는 분명히 있습니다.

다만 양도세 3억 · 취득세 2억 · 종부세 4억으로 기준이 제각각이고, 쉽게 이해가 되지 않아 몇 가지 정리를 해보았습니다.

왜 지금 이 이야기가 중요한가

세 가지 변화가 겹쳤습니다.

• 2026년 5월 10일, 다주택자 양도세 중과가 부활했습니다. 
• 2025년 1월 2일부터 지방 저가주택 취득세 기준이 1억원 → 2억원으로 완화되었습니다. 
• 2026년 세제개편안(2026.8.3. 발표)에서 세컨드홈 특례를 광역시를 제외한 비수도권 전역으로 확대하는 안이 담겼습니다. 다만 이는 아직 확정된 법령이 아니라 정부안입니다.

결과적으로 "지방에 저렴한 아파트 한 채"라는 선택지의 세금 효과가 예전보다 훨씬 복잡해졌습니다.

1. 세목마다 기준이 다릅니다

가장 먼저 정리해야 할 것은 '지방 저가주택'이라는 단일한 개념이 세법에 존재하지 않는다는 사실입니다. 양도세·취득세·종부세가 각각 자기만의 지역 기준과 금액 기준을 두고 있습니다.

광역시라는 이름만으로 세목별 결론을 정할 수 없습니다. 비수도권 광역시의 일반 시내 지역과 소속 군을 구분하고, 취득세의 시가표준액·정비구역 제외 요건 및 양도세·종부세의 지역·가격·소유 요건을 각각 확인해야 합니다.

2. 핵심 함정 — '중과 제외'는 '비과세'가 아닙니다

여기가 이 글의 핵심입니다. "지방 3억 이하는 주택 수에서 빠진다니까 서울 집은 1주택으로 비과세 받겠네요"라고 이해하는 분이 정말 많습니다. 틀린 이해입니다.

소득세법 시행령 제167조의3 제1항과 제167조의10 제1항은 각각 "법 제104조 제7항에서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택(2주택) 이상에 해당하는 주택"의 범위를 정하는 조항입니다. 즉 이 조문에서 말하는 '주택 수 제외'는 제104조의 중과세율을 적용할지 판단할 때만 쓰입니다.

양도세의 1세대 1주택 비과세와 다주택 중과 제외는 별개입니다. 기준시가 3억원 이하라는 사유만으로 비과세가 되는 것은 아닙니다. 다만 일시적 2주택·상속주택 등 소득세법 시행령의 다른 특례나 조세특례제한법상 특례가 적용되는지는 별도로 검토해야 합니다.

항목	적용	설명
다주택 양도세 중과세율	배제 O	기본세율에 +20~30%p가 붙지 않습니다
장기보유특별공제	적용 O	중과에 따른 공제 배제가 없더라도 보유기간 등 일반 공제 요건을 따로 충족해야 합니다.
1세대 1주택 비과세(12억원)	이 요건만으로는 불가	단순 저가주택 사유만으로 비과세 주택 수에서 제외되지 않습니다. 다른 특례는 별도 검토합니다.
종부세 주택 수	별도 요건	공시가격·지역·소유 요건 및 신청을 확인합니다. 1주택 특례와 과세표준 합산 제외는 다릅니다.

참고로 양도 당시 기준시가가 1억원 이하인 주택은 지역과 무관하게 그 주택 자체를 팔 때 중과세율이 적용되지 않습니다(소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제9호). 국세청도 조정대상지역 내 주택이라도 양도 당시 기준시가 1억원 이하면 기본세율을 적용한다고 회신한 바 있습니다(사전-2020-법령해석재산-1118, 2021.9.28.). 다만 정비구역 등으로 지정된 지역의 주택은 단서로 제외되고, 이 역시 비과세와는 무관합니다.

3. 기존 집 비과세까지 지키려면 — 조특법 특례 3가지

지방에 주택을 추가 취득해도 기존 주택의 비과세를 유지할 수 있는지는 농어촌주택·인구감소지역주택 등 개별 특례의 취득기간, 지역, 가격, 보유기간을 확인해야 합니다. 조세특례제한법의 특례만이 유일한 경로인 것은 아니며, 일시적 2주택·상속 등 다른 사유의 특례도 별도로 검토합니다.

4. 판례 

대법원 2025두33779 (2025.9.11. 선고)

서울 강남 아파트(공시가격 13억 9,800만원)를 소유한 남편과, 강원 속초 아파트(공시가격 5,790만원)를 소유한 아내. 남편은 "배우자의 속초 아파트는 지방 저가주택이므로 나를 1세대 1주택자로 봐야 한다"고 주장했지만, 대법원은 상고를 기각했습니다.

종부세법상 지방 저가주택 특례는 '본인이 1주택과 지방 저가주택을 함께 소유한 경우'에만 적용되며, 배우자 등 세대원이 따로 소유하면 인정되지 않는다는 취지입니다. 국세청도 같은 입장을 밝힌 바 있습니다(사전-2024-법규재산-0741, 2024.11.25.).

부부 공동명의나 배우자 명의 분산은 종부세 절세 전략으로 흔히 쓰이지만, 지방 저가주택 특례에서는 오히려 역효과가 날 수 있다는 점을 보여주는 사례입니다. .

5. 나는 어디에 해당할까 — 대상별 정리

대상	핵심 판단
1주택자 지방에 한 채 더	기존 집의 12억 비과세를 유지하려면 조특법 특례(세컨드홈·농어촌주택·준공 후 미분양) 요건을 반드시 맞춰야 합니다. 단순히 "기준시가 3억 이하 지방 아파트"라는 이유만으로는 비과세가 유지되지 않습니다. 종부세 특례는 본인 명의 + 신청이 조건입니다.
다주택자 중과 부담 관리	2026년 5월 중과가 부활한 만큼 실익이 큽니다. 기준시가 3억 이하 지방주택은 중과 판정 주택 수에서 빠지므로, 3주택이 2주택으로 내려가 중과 규정 자체가 달라질 수 있습니다. 다만 비과세는 별개이고, 어차피 과세되는 물건이라면 장특공제 적용 여부까지 함께 계산해야 합니다.
임대·투자 목적 취득 단계 중심	취득세는 비수도권 시가표준액 2억 이하면 광역시 포함이라 문턱이 가장 낮습니다. 다만 정비구역·사업시행구역 소재 주택은 제외되므로, 재개발 기대감이 있는 구도심 저가 아파트는 오히려 특례에서 빠질 수 있다는 점에 유의해야 합니다.

광역시와 군 지역을 구분하는 방법

위치	취득세 저가주택 판단	종부세 지방 저가주택 판단
부산·대구 등 비수도권 광역시의 일반 시내	시가표준액 기준과 정비구역 등 제외 사유 확인	일반 시내는 이 지방 저가주택 특례의 지역 요건에 해당하지 않음
비수도권 광역시에 소속된 군	시가표준액 및 제외 사유 확인	공시가격 4억원 이하 등 나머지 요건을 충족하는지 검토
세종의 읍·면	시가표준액 및 제외 사유 확인	읍·면 지역 요건과 공시가격·소유 요건 확인
수도권 일부 인구감소·접경지역	수도권 기준을 별도 확인	법령에서 지정한 지역만 해당하는지 확인

양도세 지역 판단은 별도입니다. 소득세법 시행령 제167조의3·제167조의10의 적용 시점별 조문을 확인하세요. 종부세 1주택 특례를 적용받아도 지방주택의 공시가격이 과세표준 계산에서 자동으로 빠지는 것은 아닙니다.

국세청 2026년 합산배제·과세특례 안내 / 양도세 중과 범위 / 취득세 중과 예외

출처

• 국가법령정보센터, 소득세법 및 시행령(제89조, 제104조, 제167조의3, 제167조의10) — https://www.law.go.kr
• 국가법령정보센터, 조세특례제한법 제71조의2 · 제99조의4
• 국가법령정보센터, 종합부동산세법 시행령 제4조의2 / 지방세법 시행령 제28조의2 · 제28조의4
• 국세청, 「1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례」 — https://www.nts.go.kr
• 대한민국 정책브리핑, 「지방 저가주택 취득세 중과 기준 완화…1억 원 → 2억 원으로」(2025.4.22.) — 기사 원문
• 대한민국 정책브리핑, 「거주용 1주택, 시가 20억 원까지 종부세 과세 대상서 제외」(2026.8.3.) — 기사 원문
• 한국세정신문, 「종부세 1세대1주택 특례 지방저가주택 '공시가격 4억원 이하로'」 — 기사 원문
• CPA뉴스, 「대법원, 종부세 '지방 저가주택' 주택 수 미포함 특례, 본인이 모두 소유해야」(대법원 2025두33779) — 기사 원문
• 재정경제부, 「2026년 세제개편안」(2026.8.3. 발표) — https://www.moef.go.kr
• 부동산공시가격알리미 — https://www.realtyprice.kr

본 블로그는 정보 제공 목적으로 정리한 것이며, 개별 세금 판단은 반드시 세무사와 상담하시기 바랍니다. 본문의 기준·요건은 2026년 8월 18일 기준이며, 세법·시행령 및 조정대상지역 지정 현황, 인구감소지역 지정 현황은 정부 발표에 따라 수시로 변경될 수 있습니다. 특히 '2026년 세제개편안' 항목은 국회 통과 전 정부안으로, 최종 확정 내용과 다를 수 있습니다.